南京市第二医院地址位于南京市鼓楼区钟阜路1-1号，建立于1933年，占地面积8万平方米，是一所经卫生部门审批部门审批设立的三级甲等传染病专科医院，同时也是南京市医保定点医院，南京市老年病医院、南京市肿瘤医院，是全国肝胆病防治技术示范基地、国家药物临床实验基地、国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室建设单位，获得中组部“全国抗非先进党组织”、卫生部“全国抗非先进集体”、全国抗“非典”工作先进基层党组织等多个荣誉称号。 南京市第二医院获科研成果三十余项，包括部级奖2项，省卫生厅新技术引进奖12项，省科技进步奖4项，南京市政府科技进步奖4项。承担国家自然科学基金10项，已完成省部级科研项目10项。医院获专利证书17项，编写专著21部。医院发表SCI论文142篇（最高影响因子39.06），中华系列期刊论文83余篇。